iPhone4S/iPhone5から機種変更を予定している方へ注意点をまとめてみます。
１、iCloudにバックアップしている方で、Apple IDの主アドレスを変更したことがある場合。
現在不具合が出ていて、人によっては途中で古いメールアドレスのパスワードを聞いて来て進めなくなる場合があるみたいです。不具合が解消されるのをまった方が良いかも。
２、ゲームアプリなどでデータのバックアップ／保存の指示がある場合。
少なくとも僕まか、嫁コレ、モンハン商店についてはデータを復元できなくなります。その他のアプリについても機種が変わるとバックアップ／セーブデータから戻さないと動かない物がありますので大事なゲームについては先に確認しておきましょう。
３、最初にログイン／認証が必要なアプリ。
twitterやdropboxなど、最初に認証をしているアプリは新しい機種でもう一度ログイン／認証が必要になる物が多いのでIDとパスワードを確認して記録しておきましょう。
４、メールの設定について。
キャリアメールを含め復元では動かない場合があります（私の場合は消えてました）ので、登録の仕方を確認しておきましょう。フリーメールなどもiOS7になる関係で不具合が出る可能性もありますのでIDとパスワードを記録しておきましょう。もしうまく動かなかった場合には一度削除してからもう一度設定すると直る場合が多いです。
５、iCloudの「iPhoneを探す」を使っている場合。
ケース１と同じく古いメールアドレスの認証を聞いて来てしまって、どうにもならなくなるケースがあるみたいです。現在の機種で「iPhoneを探す」をオフにしておき、新しい機種で最初に聞いてくる「位置情報サービスを使わない」と設定すると回避できる可能性があります。
（未確認です）
iPhoneのアプリを活用されている方は特に注意して、重要なアプリに不具合が出ていないか確認してからiOS7へアップデート／iPhone5sへの機種変更をされた方が良いと思います。
現在私が把握している動かないアプリ。
au 「アドレス移行」
まったく動かないのでAndroidなどFriends Notesを使ったアドレスの移行が出来ません。
こちらに関しては「Friends note」という新しいアプリがリリースされていました。
(2013/10/9訂正)
（2013年 9月24日現在）