個人的な好みの紹介なのでご自分でお試しください。

Echofon Pro for Twitter　有料（６００円 2011.2.13）

特徴
・複数アカウント対応
・プッシュ機能あり（バッジ、テキスト、サウンド）
・シンプルな左側メニューと右での一覧表示
・一覧を下へフリックすることによるリロード機能

良い点
・プッシュも私的には安定してるし、表示もシンプル。
・上の時間部分をタップすると最新の表示になって未読がなくなる
悪い点
・自分のツイートの一覧が出しにくい
・DMが出しにくい
・フォロアー宛のメッセージ検索　＠だれだれ　は自分で打つか履歴に保存する必要がある

TwitBird Pro for Twitter　有料（３５０円 2011.2.12）

特徴
・複数アカウント対応
・左側メニューへ表示する内容が選べる（検索、リストなど）
・一覧を下へフリックすることによるリロード機能
・プッシュ機能（別途アプリ内で購入する必要有り、つかってないので不明）

良い点
・上の時間部分をタップすると最新の表示になる
・読み込み時に指定件数以上のメッセージがありそうな場合にギャップ表示が出る
・左メニューに検索条件とかも入れられるため操作が楽
悪い点
・最新表示した時に未読が消えなかった（今は未読を消すボタンにオプションが増えている）
・＠関連がレスしたと思われるメッセージを表示してくれるため、遅い

とりあえずここまで（書きかけ）