1Password Proというアプリで起きている問題なのですが自分の作ったアプリでも起きましたw
他にもいくつかのアプリで起きているのでiOS4.2.1のバグだと思われます。
とりあえず対処した方法をご紹介。

Interface Builder でUITextFieldのSecureチェックを外すだけ。

私のアプリ（女性向け予定表）ではテンキーパッドに隠れる位置にUITextFieldをおいて
– (BOOL)textField:(UITextField *)textField shouldChangeCharactersInRange:(NSRange)range replacementString:(NSString *)string {
このdelegateを使って一文字ずつチェックしながら黒丸を表示させているため、secureがなくても問題が無いので外しました。

エラーに関係すると思われる手順
１、[navigationController pushViewController: animated:]で画面を移す
２、secure付きUITextFieldで入力
３、NSUserDefaultsで値を追加、削除
４、[navigationController popViewControllerAnimated:];で画面を戻る

もし同様の問題で困っている方は参考まで。

2011.1.11追記
私がバグじゃないかと思ってるだけでAppleがバグと認めたわけではありませんのでご注意ください。何か仕様が変わって使い方を間違えてるだけかもしれません。

いつからかわかりませんが自分で作らなくてもXcodeが自動的に「Development Provisioning Profile」を作ってくれるようになりました。
In App Purchaseを使わないのであれば自動的にできたProfileでぜんぜん困らないのでそのまま使っていたのですが先日期限切れに。更新しようと「renew」を押そうとするのですが押せないし、Xcodeは不具合が起きたので問い合わせしろというし。

ですが、先ほどやっと解決。
期限切れになったProfileをiOS Provisioning Portalから削除してXcodeのオーガナイザでRefreshするだけ。

ちゃんとドキュメントを読めばどこかに書いてあるのだと思いますが同症状で困っている人が居るかもしれないので書いてみました。

いつの間にか４．２もそろそろリリースされるみたいだし、もう一台iPadがほしい今日この頃です。