機種変更するに当たってアプリなどのバックアップを取るのは当たり前ですがiTunes/iCloudのバックアップだけではダメなアプリも沢山ありますのでご注意ください。
とりあえず自分でやってみて困った点や注意点をまとめてみます。ただ私の環境での情報なので各自大事なアプリなどは事前にアプリのQ&Aなどをみて調べておきましょう。
１、iCloud(Apple ID)に関係する設定
App Storeのアカウントはそのまま無事
iCloud,iMessage,FaceTime,Game Center,iPhoneを探す(iCloudの設定),友だちを捜す
これらApple IDを使うアプリについてはiCloudで設定していたアカウントに変更されました。またAppleのディスカッションによると一部の人で変更前のメールアドレスが表示されてサインインできず、訂正もできない(iPhoneを探すがオフに出来ないため)状態になったそうです。
iOS7から「iPhoneを探す」をオフにするためにはApple IDでのサインインが必須になったため、この不具合？が起きていると思われます。
おすすめは最後のバックアップをする前に「iPhoneを探す」はオフにしておきましょう。
２、Google Authenticatorが消える
先日アップデートで大問題になったGmailなどのワンタイムパスワード生成アプリですが機種変更するとやはりリセットされます。忘れない様に解除しておくか、別のログイン手段を設定しておきましょう。
（またAWSの英語の電話と格闘しなければw）
３、LINE
必ずアカウントのメールアドレスとパスワードを設定しておくこと
設定してあればそれでログインすることによりiPhoneにあったトーク内容と友だちが戻ってきます。 新規で認証してしまうと「友だち」もトークもすべて消えますのでご注意を。
４、KakaoTalk,Viber
認証が消えるのでもう一度電話番号の認証からやり直すとかかともなども戻ってきます。
５、comm,Skype,Ameba
そのまま動きます。逆に心配になるぐらいですw
６、再度ログイン／認証が必要なアプリ
facebook,Tweetbot,mixi,Dropbox,Evernote,Bitcasa,Pinterest
とりあえず自分が持っているアプリだとこんな感じです。
これ以外にゲームなども注意が必要なのでメモ。
○モンハン商店
「カプコンアカウント」に登録してないと消えます。
○クイズRPG 魔法使いと黒猫のウィズ
そのまま続きになります。
（最初のアカウント登録をしておくとiTunesでの移行ではなくゲームサーバを使ったデータ移行が出来るみたいです）
○ハズドラ
そのまま続きます。
○嫁コレ
ニックネーム／IDとパスワードを覚えてないと消えます。また古い端末で同じアプリを動かすと初期化されます（どうやってチェックしてるのか不明）
とりあえず思いついた物だけ。多少でも参考になれば。